Magyarország feltérképezése – Mikoviny szavai szerint – segített annak meghatározásában, hogy „mit lehetne … a jövőben a köz és az egyén javára fordítani és jobbá alakítani, mint amilyen a szántóterületek megnövelése és feljavítása, a vizek lecsapolása, a száraz vidékek öntözése, az árvizek elhárítása .” A vízszabályozási munkálatok, melyekben Mikoviny is részt vett, a 18. század elejétől váltak rendszeressé a Kárpát-medencében. Mikoviny foglalkozott a Duna és a Vág menti területek árvízvédelmével, a Duna pozsonyi szakaszának hajózhatóságával, a karkóc–lipótvári út biztosítása érdekében a Dudvág szabályozásával, a komáromi kamarai uradalomban mocsárlecsapolással.
Utolsó megbízása – melyet a Magyar Kamarától kapott – a Vág Trencsén melletti szakaszának szabályozására, árvízvédelmére vonatkozott. „Trencsénből való visszatértében – melynek környékét legfelsőbb utasításra meg kellett vizsgálnia és keresnie kellett annak útját-módját, hogy miként lehetne a Vág folyó kiöntéseit és árvizeit a városfalaktól távoltartani –, hatnapos betegség után … 1750. március 23-án a földi életet az örök élettel felcserélte.”
Az alsó-magyarországi bányavárosok mérnökeként Mikoviny fontos szerepet játszott a Selmecbánya környéki mesterséges tavak, víztározók, vízgyűjtő és vízvezető árkok kiépítésében, melyek a bányaműveléshez szükséges vízenergiát biztosították .
Vízrendezés – Pozsony megyében
A 18. századi Magyarország vízföldrajzi képét a hatalmas árterek és mocsarak jellemzik. A gazdasági fejlődés azonban szükségessé tette az ármentesítés, folyószabályozás, mocsárlecsapolás megszervezését, hogy a művelhető földek védelmét, illetve kiterjesztését, valamint a folyók hajózhatóságát biztosítsák. Így nem csoda, hogy Mikoviny Pozsony megye mérnökeként (1726–1735) elsősorban a Csallóköz és a Vág menti területek árvízvédelmével foglalkozott, felülvizsgálta a töltéseket, megtervezte a régiek helyreállítását és az újak építését, kanyarátvágásokat javasolt. 1733-ban a pozsonyi Kórház utcai csatornáról is készített tervrajzot.
Pozsony város megbízásából 1742-ben készítette Mikoviny a Duna pozsonyi szakaszát ábrázoló térképét, ugyanis az érsekújvári Duna-ág pozsonyi szakaszának feltöltődése azzal fenyegetett, hogy a Duna megváltoztatja medrét, és a hajózást veszélyezteti. Mikoviny azonban megnyugtatta a magisztrátust és a Helytartótanácsot, hogy a medermódosulás a hajózást nem akadályozza.
Vízrendezés – A komáromi uradalomban
A komáromi kamarai uradalom korszerűsítésével összefüggésben merült fel a Tata környéki mocsarak lecsapolásának – mellyel legelőt és szántóföldet akartak nyerni – és az almási fürdő újjáépítésének gondolata. A mocsárlecsapolás terve 1746 szeptemberében készült el, és a Magyar Kamara területein kívül gróf Esterházy József (1682–1748) tatai uradalmát és gróf Zichy Miklós (†1758) és Ferenc (1701–1783) birtokát – elsősorban Szőnyt – érintette. Mikoviny úgy ítélte meg, hogy a mocsarak fenntartásában néhány malom játszott fontos szerepet, ezért ezek elbontását, illetve áthelyezését javasolta. Ugyanakkor az almási fürdő területét is felmérte, s úgy vélte, hogy a mocsárlecsapolást követően viszonylag kisebb ráfordítással ki lehetett volna építeni a fürdőt.
1747 áprilisában kezdték el a munkálatokat, mégpedig a szőnyi malomgát lerombolásával. Szőny Zichy Miklós és Ferenc birtokához tartozott, de az 1740-es években Neffczer Jakab zálogában volt, akinek jelentős jövedelmei származtak a malomból, ezért erélyesen tiltakozott a gát lerombolása ellen. Végül is a kamarának sikerült megegyeznie a Zichyekkel, így folytathatták a munkát, és év végére elkészültek a lecsapoló- és malomcsatornák. Következő évben Mikoviny a szőnyi malmokhoz vezető malomcsatorna kialakításán dolgozott.
Vízrendezés – A Kalocsai Sárközben
Mikoviny 1742 szeptemberében, Patachich Gábor kalocsai érsek kérésére szakvéleményt készített a Solti járás árvízvédelmének ügyében, bejárta a Solti járás területét a járás biztosával és a kalocsai uradalom elöljárójával, az árvizek okait kutatva. Kanyarátvágásokat, töltések építését és a mocsarak lecsapolásához levezető csatornák kialakítását javasolta.
Vízrendezés – Selmecbánya környékén
1729 és 1735 között az alsó-magyarországi főkamaragrófság többször, de csak ideiglenes jelleggel alkalmazta Mikovinyt különböző mérnöki feladatok elvégzésére. Az uralkodó 1735. július 29-én kinevezte az Udvari Kamara mérnökévé az alsó-magyarországi bányavárosok területén. A legfontosabb problémát, amivel Mikovinynek mérnökként szembe kellett néznie, a bányagépek működtetéséhez szükséges energia biztosítása jelentette. A 17. század végére és a 18. század elejére megnőtt a bányaművelés energiaszükséglete. Egyrészt a bányavíz nagy mennyisége a selmeci ezüst- és aranybányák hanyatlását okozta, ezért a vízzel elöntött bányákat művelhetővé kellett tenni, gondoskodni kellett a vízemelőgépek és szivattyúk működtetéséhez szükséges energiáról. Másrészt a 17. században elterjedt a robbantás a bányászatban, emiatt megnőtt a bányák termelékenysége. A művelés minden ágában gyorsítani kellett a munkafolyamatokat, a szállítóberendezések és az ércelőkészítő gépek, vagyis a mosó- és zúzóművek teljesítményének fokozásához új energiaforrásra volt szükség. A 17. század folyamán elsősorban emberi és állati erővel működtették a bányagépeket, de a század végén ezekkel a teljesítmény már nem volt növelhető.
A 18. század elején két módon lehetett megoldani a problémát, az egyik a vízerő minél hatékonyabb hasznosítása, a másik egy új energiaforrás, a gőzerő bevezetése. A gőzgépek hátránya költséges működtetésük volt, mert nagy mennyiségű fát emésztettek fel. Mivel a selmecbányai gyér erdők nem biztosítottak elegendő fát, sokba került a fa beszerzése és szállítása. Ugyanakkor a gőzgépek alkalmazása áttételesen fejlesztőleg hatott az erdőgazdálkodásra és a közlekedési hálózat kiépítésére .
A vízerő biztosítása Selmecbányán csak mesterséges vízgyűjtő rendszer kiépítésével volt lehetséges. A csapadék összegyűjtéséhez völgyzáró gátakkal mesterséges tavakat, valamint vízfogó és vízvezető árkokat kellett létrehozni. A tórendszer kiépítésében 1729-től Mikoviny is bekapcsolódott. Az ő nevéhez fűződik a Reichaui-tavak, a Hodrusi-alsó-tó és a Rozgrundi-tó megtervezése és építésének irányítása. Ezenkívül több térképe is fennmaradt a Kolpachi-nagy-tóról és a Selmecbánya környékén tervezett tavakról. A tavak vízének energiáját vízkerekekkel alakították át gépek hajtásához szükséges mechanikai energiává.
1736-ban báró Mittrovszky János Nepomuk (1700–1760) főkamaragróf utasítására Mikoviny felmérte az Illiai-völgyet, melynek vizét a szélaknai bányaművekhez akarták vezetni. Mikoviny két olyan helyet is talált a völgyben, ahol egy-egy kisebb tavat lehetett volna létesíteni. Az egyik a gróf Koháry család birtokához tartozó területen feküdt, a másik a hegybányai kamarai birtokon. Azonban Mikoviny nem támogatta ennek a tónak a megépítését, és végül nem is épült meg. Álláspontját azzal indokolta, hogy Szélakna közelébe sokkal nagyobb tavakat lehet kialakítani.
A Szélakna környékén meglévő és tervezett tavakról 1738-ban Mikoviny egy átnézeti térképet is készített. A térképen kékkel jelölte a meglévő tavakat: a Bakomi-tavat (St. Pachomii Teich), a Szélaknai-nagy-tavat (den oberen grossen Teich), az Evicska-tavat (der mittleren Teich) és az Alsó-kis-tavat (der unteren kleinen Teich), az utóbbi napjainkban már nem létezik. Az említett tavak egymás alatti szinteken helyezkednek el, és elvezető árkokkal vannak összekötve. Zöld színnel jelölte Mikoviny az általa tervezett tavakat: a Krechsengrundi-tavat (der Krechsengrunder Teich), az ún. „hohe Bockenél” tervezett tavat (der Teich bei den hohen Bocken), az ún. „hohe Bocke” alatt építendő tavat (der Teich unter den hohen Bocken), a hegybányai malomnál tervezett tavat (der Teich bei der Siegelsberger Mühle) és a hegybányai völgyben létesítendő kisebb tavat (ein kleiner Teich im Siegelsberger Grund). Külön figyelmet érdemel a Reichaui-tó, az 1738-ban tervezett tó zöldre van színezve, és két tó látható itt: a Reichaui-alsó- és a Reichaui-felső-tó. Később a térkép ezen sarkára ráragasztott Mikoviny egy felhajtható papírlapot, melyen az 1740-ben megépült tavat ábrázolta: a nagy Reichaui-tavat, két gáttal, a kis és a nagy gáttal.
A Reichaui-völgyben Mikoviny és a bányatisztek kezdetben két tóban gondolkodtak, ahogy azt egy 1738-as szelvényrajz is bizonyítja. A tervrajzot Mikoviny készítette Deadda József Elek segédbányatiszt terepbejárása alapján. A lapon a Reichaui-alsó- és a Reichaui-felső-tó hossz- és keresztmetszete van feltüntetve, valamint a Szélakna felé vezető Reichaui táró hosszmetszete.
Az Udvari Kamara még 1738-ban elrendelte a Reichaui-tó megépítését, és 1739-ben Mikovinyt bízták meg a tóépítés irányításával. Az 1739-ben készült térképen azonban már csak egy tó látható, két gáttal, a kis és a nagy gáttal. Ebből az évből fennmaradt egy szelvényrajz is, mely a kis és a nagy gát hossz- és keresztmetszetét tartalmazza. A tóépítés munkálatai 1740-ben folytatódtak, és 1740 őszén kezdték vízzel feltölteni a tavat.
Azonban a tó alatt egy táró vezetett Szélakna felé, és a tóból a víz a táróba szivárgott. Ezért Mikovinyt 1743-ban megbízták, hogy vizsgálja meg a gátat és a tavat. Mikoviny a februári jelentéséhez csatolt rajzon a táró hossz- és keresztmetszetét rajzolta meg, és bejelölte azokat a helyeket, ahol a tóból a víz a táróba jutott. Azt javasolta, hogy várják meg, míg újból megtelik a tó, és akkor biztosabban meg lehet állapítani a szivárgás helyét, és utána a réseket tömítsék be. Ámde ezt a problémát továbbra sem tudták megnyugtatóan megoldani, ezért a bányatisztek Mikovinyvel együtt egy jelentést készítettek 1743 októberében, melyben a kis és nagy gát között egy harántgát megépítését javasolták. Minden bizonnyal ekkor készült a „Wahre Laage des Raichauer Taiches” című térkép, melyen már látható a tervezett harántgát a kis és a nagy gát között.
Az 1746-ban készült térképen Mikoviny már feltüntette a tervezett harántgátat, és a térkép alsó részén látható szelvényrajzokon ábrázolta a gát méreteit. Március végén jóváhagyták a harántgát megépítését, és a munkálatok irányításával Mikovinyt bízták meg. A harántgáttal június 19-re készültek el. A Reichaui-tó vizével működtethető szivattyúkat és zúzóműveket egy 1743 körül rajzolt térképen ábrázolta Mikoviny, többek között az újonnan tervezetteket is.
Mikoviny a Kolpachi-tónál is dolgozott. 1746 áprilisában a régi tó gátja átszakadt, és ekkor egy térképet rajzolt Mikoviny, melyen feltüntette a régi tavat, az 1738-ban tervezett tavat és az 1745-ben a falu területére tervezett tavat. A megrongálódott régi tóról és gátjáról egy tervrajzot is ismerünk, melyen Mikoviny a tervezett, megemelt gát keresztmetszetét is megrajzolta. 1746 júniusának végén az Udvari Kamara jóváhagyta, hogy egy új gátat emeljenek a régi alatt, és Artner Ádám gépésztisztet bízták meg Mikoviny felügyelete mellett az építkezés irányításával. A munkálatok a következő évre is átnyúltak.
Mikoviny 1743. évi tervei alapján épült meg 1744-ben a Hodrusi-alsó-tó és a Rozgrundi-tó. Az utóbbi építési munkálatait ő maga felügyelte és irányította.
