A pesti és szolnoki sóraktár
1742-ben az épülőfélben levő szolnoki só-, illetve a pesti só- és gabonaraktárral kapcsolatban katonai részről az az aggodalom fogalmazódott meg – amit az Udvari Haditanács adott az Udvari Kamara értésére –, hogy ezek az épületek katonai szempontból veszélyt jelenthetnek a szolnoki, illetve a budai vár számára. Az Udvari Kamara ezért július 31-én saját költségén, a Haditanács észrevételének kivizsgálására két mérnök kiküldését határozta el. Katonai részről Anton Tillier mérnökszázadost, kamarai részről pedig Mikovinyt bízták meg, hogy jelentést és térképet készítsenek a sóraktárakról. Mikoviny véleménye szerint a Szolnokon épülő sóraktár nem jelentett különösebb veszélyt a nagyon rossz állapotban levő vársáncok számára, közlekedési szempontból pedig nagyon alkalmas, jó helyen feküdt. A pesti só- és gabonaraktár sem jelenthetett nagyobb veszélyt a budai vár szempontjából, mint a környező hegyek és épületek. Nem javasolta a félig kész raktár lebontását azért sem, mert a kamarának nagy veszteséget jelentett volna. A Haditanács végül is hozzájárult az építkezések folytatásához.
Az örökösödési háborúban való részvétel
Mikoviny hadmérnökként résztvett az osztrák örökösödési háborúban (1740–1748). 1744 őszén a sziléziai és a morva hágóknál dolgozott, különféle védelmi létesítményeket épített. Ekkor készíthette a magyar–morva és a magyar–sziléziai határ térképeit. A Plan der ungarischen mahrischen und Schlesischen Granitz című térképen feltüntette Selmecbánya, Körmöcbánya és Zsarnóca, illetve Besztercebánya és Úrvölgy megerősítésének tervét is.
1745 elején már őrnagyként Ratibor és Loslau környékén térképezett, ez segítette a nemesi felkelő seregeket a porosz támadás visszaverésében. Kosel várának elfoglalását is elősegítette tanácsaival, és az elfoglalást követően, 1745. szeptember 6. után a várat megerősítette.
A Jablunkai-hágó
Ezt követően csak 1749-ben kapott újból katonai megbízást, amikor is a Haditanács kikérte Mikovinyt az Udvari Kamarától, hogy Paul Wilhelm von Bohn (1697–1759) tábornokot, az „Ingenieur Corpo” vezetőjét kísérje el Jablunka és Zsolna környékére a katonai létesítmények revíziója céljából.
